如何在PyMOL中快速显示蛋白的盐桥

思路

  1. 先定位带负电荷的氨基酸上的羧基上的氧原子；
  2. 然后定位正电荷氨基的Lys 上的带正电荷的N原子；
  3. 最后显示这两类原子在4A范围之内的配对情况。

方法1 命令行版本

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PyMOL>select negative, (resn ASP+Glu and name OD*+OE*)
PyMOL>select positive, (resn Lys and name NZ) or (resn arg and name NE+NH*)
PyMOL>distance saltbridge, (negative ), (positive ), 4.0, 0

方法2 拓展成一个命令 saltbridge.py

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from pymol import cmd
def show_saltbridge():
    cmd.select("negative","resn ASP+Glu and name OD*+OE*")
    cmd.select("positive","(resn Lys and name NZ) or (resn arg and name NE+NH*)")
    cmd.distance("saltbridge","negative","positive")


cmd.extend("show_saltbridge", show_saltbridge)

用法

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PyMOL>run saltbridge.py
PyMOL>show_saltbridge

两个氨基酸之间存在黄色虚线，说明这个氨基酸存在盐桥。

更详细教程参见 PyMOL教程