python推荐[]超级工具anaconda
阅读对象
- 没有使用过anaconda的读者
- 没有使用过anaconda创建项目环境的读者
- 没有使用过anaconda镜像的读者
- 对channel的配置不熟悉的读者
简介
anaconda是最好用python解释器，里面默认包含了大量的科学计算包，以及最厉害的包管理工具conda。
在我最喜欢的软件列表，希望通过本文安利更多的伙伴。
anaconda 的安装
直接到官网上根据自己的系统下载相应的程序就可以了。
推荐下载使用anaconda3，anconda3中内置的python3版本。
推荐使用python3,python3 比python2 更快，bug更少。
默认base环境
看前面是否有base,如果没有通过下述命令激活base环境1
conda init bash
anaconda创建项目环境
不同的项目依赖同一个模块的不同版本，如果不对环境进行隔离，
开发过程中就发生模块冲突的问题。
开始一个新项目，第一步就是建立相应的项目环境，并根据需要安装相应的模块。
1 | conda create --name py37MolDocking python=3.7 |
项目环境的名称是 py37MolDocking,里面的python 版本是 py37MolDocking
默认是安装3.7.x中的最新版本。
1 | conda create --name py37Fep python=3.5 |
默认是安装3.5.x中的最新版本。
建议： 虚拟环境命名和创建原则，一个项目一个虚拟环境，以python版本号+项目进行命名，方便记忆。
查看当前系统上所有的项目环境
1 | conda info -e |
激活项目环境
1 | conda activate ProjectEnvName |
或者1
source activate ProjectEnvName
或者1
activate ProjectEnvName
检查环境是否正常激活
1 | which python |
退出项目环境
1 | conda deactivate |
conda 安装模块
不同的模块可能在不同的channel中。
建议通过google 搜索 “conda 模块的名字” 查看相应的安装命令。
1 | conda install rdkit -c rdkit |
卸载模块
1 | conda uninstall rdkit -c rdkit |
使用国内的镜像安装
conda 修改项目环境的名字
如果你觉得项目环境名字起得不是很好，想进行修改。
可通过下面的方法进行间接修改1
2conda create --name new_name --clone old_name
conda remove --name old_name --all
目前不支持直接修改项目环境的名字，只能先复制项目环境然后删除旧的环境。
删除环境
1 | conda remove --name py35customNM --all |
查看某个指定项目环境下的安装包
1 | conda list -n py35project |
安装模块到指定的项目环境中
方法一：1
conda install -n py35 numpy
方法二： 激活相应的项目环境，然后安装需要的模块（推荐）1
2conda activate py35
conda install xxx -c xxxchanel
使用国内镜像
推荐清华或者北师大镜像
建议使用的时候指定镜像，不建议直接配置。
1 | conda install rdkit -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/rdkit/ |
更多关于中国镜像的文章，
分享自己的项目环境
首先切换到base环境中，1
conda-env export -n py27proj -f=py27proj.yml
会产生项目的配置文件py27proj.yml,分享该文件给对方后。
对方通过该文件就可以建立和你相同的环境。
1 | conda-env create -n py27proj -f=py27proj.yml |
查看conda的环境
conda config –show
配置conda的代理网络
建议直接在bashrc中配置，condarc中的优先级高于bashrc的优先级。
在condarc 中添加正确的地址，注意没有https1
2
3
4
5
6
7
8channels:
- defaults
show_channel_urls: true
use_pip: true
proxy_servers:
http: http://1x.1x.1x.8x:nnn
https: http://1x.1x.1x.8x:nnnn
